Das Justizministerium Rheinland-Pfalz wird geleitet durch den Justizminister. Vertreten wird der Minister durch den Staatssekretär als Amtschef des Ministeriums. Seit dem 18.05.2016 ist Herbert Mertin (FDP) Justizminister in Rheinland-Pfalz; Staatssekretär und Amtschef ist seit dem 18.05.2021 Dr. Matthias Frey.

Der Sitz des Ministeriums der Justiz ist in der Ernst-Ludwig-Str. 3 in der Landeshauptstadt Mainz. Von Dezember 1946 bis Oktober 1950 war die Behörde in der Stresemannstr. 3 - 5 in Koblenz untergebracht. Ab November 1950 wechselte der Dienstsitz in das jetzige Gebäude nach Mainz. Von Mai 2014 bis Oktober 2015 befand sich das Ministerium wegen Sanierungsarbeiten des Stammsitzes in der Diether-von-Isenburg-Str. 1 in Mainz.